Kömür bataklıklarda uygun nem ve sıcaklığın oluşması ortamın asit miktarının artması gerekli organik maddelerin ortamda bulunmasıyla bozunmuş çürüyen bitkilerin su altına inmesi bataklığın zamanla üstünün örtülmesi gibi olaylar sonucu oluşur.

• Deltalar (en kalın kömür damarlarının oluştuğu ortamlardır)
• Göller nehirler (Göl kıyıları, kalın kömür damarlarının meydana geldiği uygun bataklık ortamlardır)
• Lagünler (Deniz etkisinin olduğu ince kömür damarcıklarını meydana getirirler)
• Akarsu taşma ovaları (İnce kömür damarcıklarını oluştururlar).

Jeolojik tarihte iki büyük kömür oluşum çağı vardır. Bunlardan daha eski olanı Karbonifer (345-280 milyon yıl önce) ve Permiyen (280-225) dönemlerini kapsar. Kuzey Amerika'nın doğusu ile Avrupadaki taşkömürü yataklarının çoğu Karbonifer döneminde; [[Sibirya],Asya’nın doğusu ve Avustralya'daki kömür yatakları Permiyen döneminde oluşmuştur. İkinci büyük kömürleşme çağı ise Kretase (tebeşir) Döneminde başladı ve Tersiyer dönemi sırasında sona erdi. Dünyadaki linyitlerin ve yağsız kömürlerin çoğu bu dönemde oluşmuştur. Kömürlerin türediği bitkilerden geriye çok az iz kalmıştır. Kömür katmanlarının altında ve üstünde yer alan kayaçlarda eğreltiotları, kibrit otları,atkuyrukları ve birçok bitki fosiline rastlanabilir. Kömürler yoğunluk, gözeneklilik, sertlilik ve parlaklık bakımından farklılık gösterebilir. Genellikle kömür türleri bazı inorganik maddeler, genelliklede killer, sülfürler ve klorürler içerir. Bunlarda az miktarda civa, titan ve manganez gibi bazı elementlerede içerir.

Milyonlarca yıl önce bataklıkların dibinde kalan bitkiler, üzerindeki katmanların etkisiyle ısınıp sıkışarak kömürleşmiştir.